低分子系の汚れとは異なり、タンパク試料の汚れは複数の相互作用によって充てん剤表面に吸着しているため、有機溶媒100%は適した洗浄溶媒ではありません。多くの生体試料の汚れは有機溶媒 / 緩衝溶液や酸、イオンペア剤等の混合溶媒で洗浄する方が適しています。また、カラムの選択性が変化するため、界面活性剤(SDS)の使用は避ける方が好ましいです。（ R.L. Cunico, K.M. Gooding and T. Wehr, “Basic HPLC and CE of Biomolecules,” Bay Bioanalytical Laboratory (Richmond, California, 1998), p. 254. ）

洗浄例）
・ 0.1% Trifluoroacetic acid–propanol 複数回のグラジェント洗浄
・ 100 uLのterifluoroethanol を数回注入